Node 59
Ancestral DNA sequence:
Probabilities of bases and MPB (most probable base) at each site.
Site	A	C	G	T	MPB	Probability
1	0.99	0	0.01	0	A	0.99
2	0	0	0	1	T	1
3	0	0	1	0	G	1
4	0.05	0.78	0.01	0.16	C	0.78
5	0.09	0.09	0.38	0.43	T	0.43
6	0.12	0.45	0.13	0.3	C	0.45
7	0.58	0.07	0.29	0.06	A	0.58
8	0	0	0	1	T	1
9	0.21	0.28	0.22	0.29	T	0.29
10	0.06	0.27	0.06	0.6	T	0.6
11	0.01	0	0	0.99	T	0.99
12	0.05	0.49	0.04	0.41	C	0.49
13	0.21	0.02	0.74	0.03	G	0.74
14	0.97	0.02	0.01	0	A	0.97
15	0.13	0.4	0.14	0.33	C	0.4
16	1	0	0	0	A	1
17	0.4	0.11	0.39	0.09	A	0.4
18	0.01	0.64	0.01	0.34	C	0.64
19	0.06	0.43	0.07	0.45	T	0.45
20	0	0	0	1	T	1
21	0.23	0.33	0.18	0.26	C	0.33
22	0.08	0.03	0.78	0.12	G	0.78
23	0.35	0.28	0.2	0.17	A	0.35
24	0.26	0.25	0.25	0.24	A	0.26
25	0.08	0.03	0.88	0.01	G	0.88
26	0.91	0.03	0.04	0.03	A	0.91
27	0.32	0.09	0.47	0.11	G	0.47
28	0	0.01	0	0.99	T	0.99
29	0	0	0	1	T	1
30	0.09	0.39	0.11	0.41	T	0.41
31	0.08	0.56	0.13	0.24	C	0.56
32	0.67	0.05	0.25	0.03	A	0.67
33	0.28	0.18	0.38	0.16	G	0.38
34	0.29	0.21	0.31	0.19	G	0.31
35	0.29	0.22	0.28	0.22	A	0.29
36	0.16	0.38	0.16	0.3	C	0.38
37	0.18	0.33	0.21	0.28	C	0.33
38	0.19	0.09	0.29	0.43	T	0.43
39	0.2	0.29	0.19	0.32	T	0.32
40	0	0.05	0	0.95	T	0.95
41	0.01	0.01	0	0.98	T	0.98
42	0.17	0.36	0.16	0.31	C	0.36
43	0.18	0.13	0.62	0.07	G	0.62
44	0.16	0.02	0.81	0.01	G	0.81
45	0.21	0.29	0.21	0.29	T	0.29
46	0.3	0.11	0.48	0.11	G	0.48
47	0.43	0.1	0.39	0.08	A	0.43
48	0.25	0.24	0.26	0.24	G	0.26
49	0.01	0	0.99	0	G	0.99
50	0.47	0	0.53	0.01	G	0.53
51	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
52	0.26	0.47	0.11	0.16	C	0.47
53	0.41	0.01	0.57	0.01	G	0.57
54	0.29	0.22	0.28	0.22	A	0.29
55	0.98	0.01	0.01	0	A	0.98
56	0.74	0	0.26	0	A	0.74
57	0.56	0.02	0.39	0.02	A	0.56
58	0	0	0	1	T	1
59	0	0	1	0	G	1
60	0	0	1	0	G	1
61	0.1	0.63	0.04	0.23	C	0.63
62	0.29	0.25	0.08	0.38	T	0.38
63	0.26	0.11	0.52	0.11	G	0.52
64	0	1	0	0	C	1
65	0	0	1	0	G	1
66	0.29	0.23	0.28	0.21	A	0.29
67	0.16	0.02	0.01	0.81	T	0.81
68	0.02	0.6	0.24	0.14	C	0.6
69	0.09	0.42	0.08	0.4	C	0.42
70	0.33	0.2	0.28	0.19	A	0.33
71	0.01	0.03	0.07	0.88	T	0.88
72	0.24	0.26	0.25	0.26	T	0.26
73	0	0	1	0	G	1
74	1	0	0	0	A	1
75	0.19	0.01	0.79	0.01	G	0.79
76	0	0	1	0	G	1
77	0	1	0	0	C	1
78	0.25	0.26	0.24	0.25	C	0.26
79	1	0	0	0	A	1
80	0	0	0	1	T	1
81	0.03	0.61	0.03	0.33	C	0.61
82	0.49	0.05	0.4	0.05	A	0.49
83	0.59	0.04	0.34	0.03	A	0.59
84	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
85	0.95	0	0.04	0	A	0.95
86	1	0	0	0	A	1
87	0.12	0.51	0.13	0.25	C	0.51
88	0.27	0.18	0.34	0.21	G	0.34
89	0.01	0.41	0.02	0.56	T	0.56
90	0.18	0.34	0.21	0.27	C	0.34
91	0.37	0.1	0.46	0.07	G	0.46
92	0.35	0.23	0.27	0.16	A	0.35
93	0.25	0.25	0.26	0.25	G	0.26
94	0.04	0.16	0.02	0.77	T	0.77
95	0.25	0.35	0.3	0.11	C	0.35
96	0.21	0.27	0.21	0.31	T	0.31
97	0.46	0.29	0.1	0.15	A	0.46
98	0	0	0	1	T	1
99	0.12	0.51	0.11	0.26	C	0.51
100	0.41	0.19	0.23	0.17	A	0.41
101	0.25	0.36	0.21	0.18	C	0.36
102	0.25	0.22	0.31	0.22	G	0.31
103	0.47	0.16	0.26	0.1	A	0.47
104	0.51	0.16	0.24	0.09	A	0.51
105	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
106	0	0	1	0	G	1
107	0.62	0	0.38	0	A	0.62
108	0.1	0.43	0.09	0.38	C	0.43
109	0.03	0	0.96	0	G	0.96
110	0.01	0.33	0	0.66	T	0.66
111	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
112	0.62	0.01	0.35	0.02	A	0.62
113	0.02	0.78	0.03	0.16	C	0.78
114	0.12	0.36	0.13	0.38	T	0.38
115	0	0.03	0	0.97	T	0.97
116	1	0	0	0	A	1
117	0.05	0.42	0.05	0.49	T	0.49
118	0	0	0	1	T	1
119	0	1	0	0	C	1
120	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
121	0.85	0.01	0.14	0	A	0.85
122	0	0	0	1	T	1
123	0.21	0.3	0.2	0.29	C	0.3
124	0	0	1	0	G	1
125	0	0	1	0	G	1
126	0.23	0.26	0.24	0.26	T	0.26
127	0	0	1	0	G	1
128	1	0	0	0	A	1
129	0.02	0.2	0.02	0.77	T	0.77
130	0.01	0.02	0	0.97	T	0.97
131	0	0.98	0.01	0.01	C	0.98
132	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
133	0.01	0.89	0	0.1	C	0.89
134	0	0	0	1	T	1
135	0.13	0.11	0.66	0.09	G	0.66
136	0.77	0.01	0.21	0.01	A	0.77
137	0	0.85	0	0.15	C	0.85
138	0.22	0.28	0.22	0.27	C	0.28
139	0	0	0	1	T	1
140	0.99	0	0	0.01	A	0.99
141	0.06	0.42	0.06	0.46	T	0.46
142	0	0.92	0	0.08	C	0.92
143	0	0	1	0	G	1
144	0.18	0.32	0.32	0.18	G	0.32
145	0.46	0.12	0.32	0.1	A	0.46
146	0	0.32	0	0.68	T	0.68
147	0.16	0.31	0.17	0.35	T	0.35
148	0.27	0.07	0.61	0.06	G	0.61
149	0.4	0.16	0.3	0.14	A	0.4
150	0.27	0.23	0.26	0.24	A	0.27
151	0.37	0.16	0.33	0.13	A	0.37
152	0.25	0.31	0.24	0.2	C	0.31
153	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
154	0.07	0.01	0.91	0.01	G	0.91
155	0.03	0.77	0.05	0.15	C	0.77
156	0.25	0.24	0.26	0.25	G	0.26
157	0.26	0.23	0.28	0.23	G	0.28
158	0.15	0.42	0.17	0.26	C	0.42
159	0.24	0.27	0.23	0.26	C	0.27
160	0.27	0.07	0.59	0.07	G	0.59
161	0.37	0.17	0.32	0.14	A	0.37
162	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
163	0.22	0.31	0.22	0.26	C	0.31
164	0.13	0.23	0.11	0.53	T	0.53
165	0.27	0.2	0.32	0.2	G	0.32
166	0.27	0.17	0.42	0.15	G	0.42
167	0.04	0.57	0.04	0.34	C	0.57
168	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
169	0.24	0.02	0.72	0.02	G	0.72
170	0.39	0.23	0.22	0.17	A	0.39
171	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
172	0.21	0.06	0.7	0.04	G	0.7
173	0.47	0.11	0.33	0.09	A	0.47
174	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
175	0.2	0.35	0.22	0.23	C	0.35
176	0.34	0.06	0.51	0.09	G	0.51
177	0.3	0.19	0.33	0.18	G	0.33
178	0	0.02	0	0.98	T	0.98
179	0	0	0	1	T	1
180	0.11	0.41	0.11	0.38	C	0.41
181	0.38	0.03	0.57	0.02	G	0.57
182	0.11	0.4	0.08	0.41	T	0.41
183	0.21	0.31	0.2	0.28	C	0.31
184	0	0	1	0	G	1
185	0	0	1	0	G	1
186	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
187	0.37	0.3	0.14	0.2	A	0.37
188	0.5	0.01	0.49	0	A	0.5
189	0.26	0.21	0.34	0.19	G	0.34
190	0.04	0.94	0.01	0.02	C	0.94
191	0	0	1	0	G	1
192	0.18	0.33	0.18	0.3	C	0.33
193	0	1	0	0	C	1
194	0	0	1	0	G	1
195	0.23	0.27	0.24	0.26	C	0.27
196	0	0	0	1	T	1
197	1	0	0	0	A	1
198	0.07	0.41	0.07	0.44	T	0.44
199	0	0.92	0	0.08	C	0.92
200	0.66	0.01	0.02	0.3	A	0.66
201	0.1	0.46	0.09	0.35	C	0.46
202	0.52	0.01	0.47	0	A	0.52
203	0.05	0.77	0.02	0.17	C	0.77
204	0.26	0.22	0.29	0.23	G	0.29
205	0.04	0	0.96	0	G	0.96
206	0	0	0	1	T	1
207	0.28	0.07	0.58	0.08	G	0.58
208	0.11	0.61	0.12	0.17	C	0.61
209	0.01	0	0	0.99	T	0.99
210	0.15	0.32	0.21	0.32	T	0.32
211	0	0	0	1	T	1
212	0.93	0.05	0.02	0.01	A	0.93
213	0.09	0.47	0.18	0.27	C	0.47
214	0	0.05	0.01	0.93	T	0.93
215	0.05	0.74	0.02	0.18	C	0.74
216	0.03	0.72	0.05	0.2	C	0.72
217	0.45	0.09	0.42	0.04	A	0.45
218	0	0	0	1	T	1
219	0.26	0.24	0.27	0.24	G	0.27
220	0.18	0	0.82	0	G	0.82
221	0.49	0.06	0.41	0.04	A	0.49
222	0.23	0.35	0.2	0.21	C	0.35
223	0	0	1	0	G	1
224	0	0	1	0	G	1
225	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
226	0.27	0.22	0.31	0.19	G	0.31
227	0.34	0.44	0.1	0.12	C	0.44
228	0.26	0.22	0.3	0.22	G	0.3
229	0.03	0.03	0.92	0.02	G	0.92
230	0.02	0.05	0	0.93	T	0.93
231	0.23	0.32	0.19	0.26	C	0.32
232	0.3	0.11	0.39	0.2	G	0.39
233	0.2	0.44	0.15	0.21	C	0.44
234	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
235	0.4	0.01	0.58	0.01	G	0.58
236	0	0	0	1	T	1
237	0.24	0.25	0.24	0.26	T	0.26
238	0	0	1	0	G	1
239	0.99	0	0.01	0	A	0.99
240	0.21	0.23	0.32	0.25	G	0.32
241	0.37	0.1	0.4	0.13	G	0.4
242	0.01	0.1	0.01	0.88	T	0.88
243	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
244	0.02	0.01	0.96	0.02	G	0.96
245	0	1	0	0	C	1
246	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
247	0.28	0.21	0.31	0.2	G	0.31
248	0.36	0.17	0.32	0.15	A	0.36
249	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
250	1	0	0	0	A	1
251	1	0	0	0	A	1
252	0.79	0.01	0.19	0.01	A	0.79
253	0.28	0.22	0.29	0.22	G	0.29
254	0.26	0.25	0.26	0.23	G	0.26
255	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
256	0.31	0.14	0.42	0.14	G	0.42
257	0.29	0.22	0.27	0.21	A	0.29
258	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
259	0.03	0.62	0.03	0.32	C	0.62
260	0	0	0	1	T	1
261	0.3	0.2	0.31	0.2	G	0.31
262	0.35	0.14	0.41	0.1	G	0.41
263	0.23	0.28	0.23	0.26	C	0.28
264	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
265	0.23	0.29	0.23	0.25	C	0.29
266	0.09	0.55	0.09	0.27	C	0.55
267	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
268	0.08	0	0.91	0	G	0.91
269	0.02	0.26	0.01	0.71	T	0.71
270	0.25	0.25	0.26	0.25	G	0.26
271	0.3	0.12	0.47	0.11	G	0.47
272	0.43	0.11	0.36	0.1	A	0.43
273	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
274	0.2	0.2	0.47	0.13	G	0.47
275	0.05	0.69	0.06	0.2	C	0.69
276	0.19	0.33	0.19	0.3	C	0.33
277	0	0	0	1	T	1
278	1	0	0	0	A	1
279	0.05	0.5	0.05	0.4	C	0.5
280	0.51	0.19	0.14	0.16	A	0.51
281	0.14	0.04	0.78	0.03	G	0.78
282	0.18	0.34	0.19	0.29	C	0.34
283	0	0	1	0	G	1
284	1	0	0	0	A	1
285	0.04	0.48	0.04	0.44	C	0.48
286	0.04	0.56	0.24	0.16	C	0.56
287	0.01	0.01	0	0.97	T	0.97
288	0.2	0.28	0.14	0.37	T	0.37
289	0.91	0.01	0.03	0.05	A	0.91
290	0	0.99	0	0.01	C	0.99
291	0.2	0.32	0.21	0.28	C	0.32
292	0	0	1	0	G	1
293	1	0	0	0	A	1
294	0.05	0.47	0.05	0.44	C	0.47
295	0.01	0.97	0	0.02	C	0.97
296	0	0	0.99	0	G	0.99
297	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
298	0	0	1	0	G	1
299	1	0	0	0	A	1
300	0.6	0.02	0.36	0.02	A	0.6
301	0	0.11	0	0.88	T	0.88
302	0.12	0.3	0.11	0.47	T	0.47
303	0.19	0.3	0.2	0.31	T	0.31
304	0.03	0.25	0.03	0.7	T	0.7
305	0	0	0	1	T	1
306	0.14	0.41	0.15	0.3	C	0.41
307	0.54	0.06	0.34	0.06	A	0.54
308	0.36	0.18	0.31	0.15	A	0.36
309	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
310	0	0	1	0	G	1
311	0	0	1	0	G	1
312	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
313	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
314	0.37	0.21	0.28	0.15	A	0.37
315	0.26	0.23	0.27	0.24	G	0.27
316	0	0	0	0	-	0
317	0	0	0	0	-	0
318	0	0	0	0	-	0
319	0	0	1	0	G	1
320	0	0	1	0	G	1
321	0.23	0.27	0.24	0.26	C	0.27
322	0.14	0.05	0.78	0.04	G	0.78
323	0.92	0.01	0.06	0.01	A	0.92
324	0.41	0.07	0.45	0.07	G	0.45
325	0.25	0.42	0.14	0.19	C	0.42
326	0.18	0.35	0.23	0.24	C	0.35
327	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
328	0.26	0.2	0.41	0.14	G	0.41
329	0.16	0.29	0.15	0.4	T	0.4
330	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
331	0.16	0.44	0.15	0.25	C	0.44
332	0.38	0.12	0.26	0.24	A	0.38
333	0.25	0.25	0.26	0.24	G	0.26
334	0.25	0.22	0.27	0.26	G	0.27
335	0	0	0	1	T	1
336	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
337	0.22	0.31	0.23	0.24	C	0.31
338	0.33	0.21	0.26	0.19	A	0.33
339	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
340	0.21	0.04	0.7	0.04	G	0.7
341	0.6	0.17	0.13	0.1	A	0.6
342	0.34	0.22	0.25	0.18	A	0.34
343	0	0	1	0	G	1
344	0	0	1	0	G	1
345	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
346	0.08	0	0.92	0	G	0.92
347	0.21	0.03	0.75	0.01	G	0.75
348	0.16	0.37	0.17	0.31	C	0.37
349	0.52	0.07	0.35	0.06	A	0.52
350	0	0	0	1	T	1
351	0.22	0.25	0.27	0.26	G	0.27
352	0.08	0.52	0.31	0.09	C	0.52
353	0.02	0.1	0.03	0.84	T	0.84
354	0.26	0.23	0.27	0.23	G	0.27
355	0.95	0.01	0.04	0	A	0.95
356	0	0	0	1	T	1
357	0.04	0.36	0.05	0.55	T	0.55
358	0.04	0	0.94	0.02	G	0.94
359	0	0.02	0	0.97	T	0.97
360	0.08	0.38	0.08	0.46	T	0.46
361	0	0	1	0	G	1
362	1	0	0	0	A	1
363	0.26	0.25	0.25	0.25	A	0.26
364	1	0	0	0	A	1
365	0.19	0.12	0.07	0.62	T	0.62
366	0.07	0.56	0.08	0.29	C	0.56
367	0.23	0.26	0.25	0.26	T	0.26
368	0.87	0.01	0.11	0.01	A	0.87
369	0.08	0.46	0.08	0.38	C	0.46
370	0.09	0.01	0.89	0.01	G	0.89
371	1	0	0	0	A	1
372	0.39	0.04	0.54	0.04	G	0.54
373	0	0	1	0	G	1
374	0	1	0	0	C	1
375	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
376	0.06	0.11	0.08	0.75	T	0.75
377	0.57	0.14	0.07	0.22	A	0.57
378	0.03	0.57	0.03	0.37	C	0.57
379	0	0.98	0	0.02	C	0.98
380	0.01	0	0.99	0	G	0.99
381	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
382	0.78	0.01	0.16	0.05	A	0.78
383	0	0	0	1	T	1
384	0.08	0.38	0.08	0.46	T	0.46
385	0.23	0.34	0.19	0.25	C	0.34
386	0.15	0.31	0.14	0.4	T	0.4
387	0.1	0.47	0.11	0.32	C	0.47
388	0.17	0.28	0.35	0.19	G	0.35
389	0.2	0.16	0.6	0.04	G	0.6
390	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
391	0.41	0.08	0.44	0.08	G	0.44
392	0.33	0.27	0.31	0.09	A	0.33
393	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
394	0.24	0.25	0.26	0.25	G	0.26
395	0.35	0.39	0.14	0.13	C	0.39
396	0.03	0.71	0.03	0.23	C	0.71
397	0.22	0.13	0.54	0.12	G	0.54
398	0.5	0.08	0.33	0.09	A	0.5
399	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
400	0	0	1	0	G	1
401	0.01	0.63	0.03	0.33	C	0.63
402	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
403	0	0	0	0	-	0
404	0	0	0	0	-	0
405	0	0	0	0	-	0
406	0	0	0	0	-	0
407	0	0	0	0	-	0
408	0	0	0	0	-	0
409	0.31	0.23	0.31	0.16	G	0.31
410	0.31	0.03	0.62	0.04	G	0.62
411	0.3	0.21	0.29	0.2	A	0.3
412	0.08	0	0.91	0	G	0.91
413	0.02	0.08	0	0.89	T	0.89
414	0.37	0.23	0.25	0.15	A	0.37
415	0.11	0.01	0.87	0.01	G	0.87
416	0	0	0	1	T	1
417	0.26	0.17	0.4	0.17	G	0.4
418	0.28	0.2	0.45	0.07	G	0.45
419	0.01	0.02	0.02	0.95	T	0.95
420	0.26	0.12	0.51	0.11	G	0.51
421	0.04	0.78	0.07	0.11	C	0.78
422	0	0	0	1	T	1
423	0.17	0.34	0.18	0.31	C	0.34
424	0.05	0.85	0.02	0.08	C	0.85
425	0.92	0	0.07	0	A	0.92
426	0.2	0.39	0.18	0.23	C	0.39
427	0	0	1	0	G	1
428	0	0	0	1	T	1
429	0.25	0.25	0.26	0.24	G	0.26
430	1	0	0	0	A	1
431	0	1	0	0	C	1
432	0.18	0.34	0.19	0.29	C	0.34
433	0.21	0.01	0.77	0.01	G	0.77
434	0	0	0	1	T	1
435	0.16	0.35	0.16	0.33	C	0.35
436	0	0	1	0	G	1
437	1	0	0	0	A	1
438	0.38	0.01	0.6	0.01	G	0.6
439	0	0	1	0	G	1
440	0.05	0	0.95	0	G	0.95
441	0.15	0.38	0.14	0.33	C	0.38
442	0.23	0.03	0.66	0.08	G	0.66
443	0.05	0.12	0.63	0.2	G	0.63
444	0.1	0.45	0.09	0.35	C	0.45
445	0.77	0.01	0.16	0.05	A	0.77
446	0.13	0	0.86	0	G	0.86
447	0.05	0.53	0.06	0.35	C	0.53
448	0	0.01	0	0.99	T	0.99
449	0	0	0	1	T	1
450	0.01	0.85	0.01	0.12	C	0.85
451	0.03	0.78	0.03	0.17	C	0.78
452	0.03	0.69	0.02	0.26	C	0.69
453	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
454	1	0	0	0	A	1
455	1	0	0	0	A	1
456	0.06	0.48	0.06	0.4	C	0.48
457	1	0	0	0	A	1
458	1	0	0	0	A	1
459	0.36	0.01	0.63	0.01	G	0.63
460	0	0	0	1	T	1
461	0.97	0	0.03	0	A	0.97
462	0.98	0	0.02	0	A	0.98


The most probable ancestral DNA sequence is:
ATGCTCATTTTCGACAACTTCGAAGAGTTTCAGGACCTTTTCGGTGAGGGGCGAAAATGGCTGCGATCCATTGAGGCCATCAATAACGTCGAGTCTATCACGAATGACGTGACTTATTCTATCGGTGATTCTCTGACCTATCGGATTGAAACTGCGGCCGATCTGGCTGAGGAGCGGTTCGTCGGTAAGCGCCGCTATCACACGGTGCTTTACTCCATGGACGGTGCGGTCGCTGTTGAGGTTGCTGATAAAGGGGATCTGGCTCCGGTGGAGGCCTACAGCGACCTTACCGACCGTGAATTTTTCAATGGTTAG---GGCGAGCCTGTTCAGGTTCATGAAGGTGGCATGCTGATTGTTGAAATCTACGAGGCTTACCGTATTCTCGGTGATGCCGATGCG------GGAGTAGTGGTGCTCCACGTGACCGTCGAGGGCGGCAGCTTCCCTAACAAGTAA

The most probable DNA sequence without gaps is:
ATGCTCATTTTCGACAACTTCGAAGAGTTTCAGGACCTTTTCGGTGAGGGGCGAAAATGGCTGCGATCCATTGAGGCCATCAATAACGTCGAGTCTATCACGAATGACGTGACTTATTCTATCGGTGATTCTCTGACCTATCGGATTGAAACTGCGGCCGATCTGGCTGAGGAGCGGTTCGTCGGTAAGCGCCGCTATCACACGGTGCTTTACTCCATGGACGGTGCGGTCGCTGTTGAGGTTGCTGATAAAGGGGATCTGGCTCCGGTGGAGGCCTACAGCGACCTTACCGACCGTGAATTTTTCAATGGTTAGGGCGAGCCTGTTCAGGTTCATGAAGGTGGCATGCTGATTGTTGAAATCTACGAGGCTTACCGTATTCTCGGTGATGCCGATGCGGGAGTAGTGGTGCTCCACGTGACCGTCGAGGGCGGCAGCTTCCCTAACAAGTAA

The accuracy score for that sequence is 0.622560706401766

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable bases.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 3.27538875961289e-117.
The natural log of that probability is -268.216019313036.

Ancestral Protein Sequence:
Column headings:
MPAA = most probable amino acid, pMPAA = probability of MPAA
MPAA2 = second most probable amino acid, pMPAA2 = probability of MPAA2
Ratio = pMPAA/pMPAA2,  Unreliable means Ratio <1.5

MPAA	pMPAA	MPAA2	pMPAA2	Ratio
M	0.99	V	0.01	99	
L	0.3526	R	0.30115	1.17084509380707	Unreliable
I	0.4524	V	0.29	1.56	
F	0.5346	L	0.318087	1.68067226890756	
D	0.523994	E	0.193806	2.7037037037037	
N	0.392	S	0.3822	1.02564102564103	Unreliable
L	0.6145	F	0.2655	2.31450094161959	
A	0.2184	G	0.156	1.4	Unreliable
E	0.632632	D	0.16016	3.95	
F	0.792	L	0.208	3.80769230769231	
Q	0.247632	R	0.1532	1.61639686684073	
S	0.097016	G	0.0868	1.11769585253456	Unreliable
L	0.188856	R	0.116058	1.62725533784832	
F	0.62377	L	0.35623	1.75103163686382	
G	0.5022	R	0.166536	3.01556420233463	
G	0.185328	E	0.105264	1.76060191518468	
G	0.5247	E	0.241956	2.16857610474632	
R	0.355053	Q	0.109839	3.23248572911261	
K	0.68894	R	0.244634	2.81620706851868	
W	1	A	0	9999	
L	0.307572	P	0.1575	1.9528380952381	
R	1.01	A	0	9999	
S	0.512628	C	0.159408	3.21582354712436	
L	0.259688	V	0.248864	1.04349363507779	Unreliable
E	0.98	D	0.02	49	
A	1	R	0	9999	
I	0.97	M	0.03	32.3333333333333	
N	0.156114	G	0.136	1.14789705882353	Unreliable
N	0.722	K	0.2375	3.04	
V	0.1904	L	0.146664	1.29820542191676	Unreliable
G	0.125442	A	0.106858	1.17391304347826	Unreliable
S	0.27646	C	0.13398	2.06344230482162	
I	0.4094	L	0.3245	1.26163328197226	Unreliable
T	0.1476	S	0.099084	1.48964514957006	Unreliable
N	0.11985	K	0.11985	1	Unreliable
D	0.5022	G	0.38	1.32157894736842	Unreliable
V	0.6336	A	0.3168	2	
T	0.478764	A	0.27027	1.77142857142857	
Y	0.8827	X	0.097	9.1	
S	1	A	0	9999	
I	0.68	M	0.17	4	
G	0.99	A	0	9999	
D	0.97	E	0.04	24.25	
S	0.95065	P	0.0196	48.5025510204082	
L	0.9601	F	0.02	48.005	
T	0.647955	A	0.176715	3.66666666666667	
Y	0.8712	X	0.1188	7.33333333333333	
R	0.92	C	0.04	23	
I	0.256496	V	0.215424	1.19065656565657	Unreliable
G	0.183	E	0.12932	1.41509433962264	Unreliable
T	0.1147	A	0.1023	1.12121212121212	Unreliable
A	0.7007	V	0.1365	5.13333333333333	
S	0.120026	A	0.1176	1.02062925170068	Unreliable
G	0.1888	D	0.10915	1.72972972972973	
L	0.243959	V	0.115434	2.11340679522498	
A	0.2394	T	0.1539	1.55555555555556	
A	0.1656	G	0.1584	1.04545454545455	Unreliable
G	0.231	E	0.17108	1.35024549918167	Unreliable
R	0.24276	G	0.1122	2.16363636363636	
F	0.7742	L	0.2358	3.2832909245123	
V	0.2337	A	0.228	1.025	Unreliable
G	1	A	0	9999	
R	0.25578	K	0.111	2.30432432432432	
R	0.945	S	0.0252	37.5	
R	1	A	0	9999	
Y	0.85	X	0.14	6.07142857142857	
H	0.491832	L	0.28056	1.75303678357571	
T	0.4004	A	0.3619	1.1063829787234	Unreliable
V	0.9696	M	0.0232	41.7931034482759	
L	0.664488	V	0.1188	5.59333333333333	
Y	0.6882	X	0.2529	2.72123368920522	
S	0.6882	F	0.154008	4.46859903381643	
V	0.4242	I	0.333	1.27387387387387	Unreliable
G	0.332838	D	0.225008	1.47922740524781	Unreliable
G	1	A	0	9999	
A	0.1364	T	0.1188	1.14814814814815	Unreliable
V	0.8556	A	0.046	18.6	
A	0.1716	T	0.132	1.3	Unreliable
V	0.5742	I	0.3	1.914	
E	0.5247	D	0.4752	1.10416666666667	Unreliable
V	0.352	I	0.253968	1.38600138600139	Unreliable
A	0.96	S	0.02	48	
R	0.108416	G	0.0992	1.09290322580645	Unreliable
K	0.98	N	0.02	49	
R	0.095056	S	0.089944	1.05683536422663	Unreliable
G	0.1134	A	0.0924	1.22727272727273	Unreliable
L	0.8214	F	0.128	6.4171875	
A	0.1148	V	0.1066	1.07692307692308	Unreliable
P	0.1595	S	0.147436	1.08182533438238	Unreliable
V	0.652561	A	0.238966	2.73076923076923	
G	0.1692	E	0.105092	1.61001788908766	
A	0.327543	P	0.13938	2.35	
Y	0.9	X	0.1	9	
R	0.295386	S	0.257014	1.14929925996249	Unreliable
D	0.92	E	0.08	11.5	
L	0.590536	V	0.230472	2.56228956228956	
T	0.909909	S	0.049995	18.2	
D	0.91	E	0.1	9.1	
R	0.964854	C	0.010692	90.2407407407407	
E	0.96	D	0.04	24	
S	0.264	F	0.252296	1.04638995465644	Unreliable
F	0.497	L	0.453	1.09713024282561	Unreliable
G	0.1054	N	0.104976	1.00403901844231	Unreliable
G	1	A	0	9999	
R	0.111048	S	0.087752	1.26547543075941	Unreliable
	0	-	0	0
G	1	A	0	9999	
E	0.617136	K	0.110768	5.57142857142857	
P	0.147	R	0.12535	1.17271639409653	Unreliable
V	0.164	A	0.1189	1.37931034482759	Unreliable
L	0.1362	R	0.135616	1.00430627654554	Unreliable
L	0.35	V	0.27	1.2962962962963	Unreliable
R	0.106912	S	0.081288	1.315224879441	Unreliable
E	0.2478	D	0.168	1.475	Unreliable
G	1	A	0	9999	
G	0.6969	D	0.131376	5.3046218487395	
I	0.3796	V	0.35	1.08457142857143	Unreliable
L	0.4725	V	0.257796	1.83284457478006	
I	0.9025	M	0.0475	19	
V	0.9118	I	0.035696	25.5434782608696	
E	0.51	D	0.5	1.02	Unreliable
I	0.5704	N	0.1615	3.53188854489164	
H	0.190008	Y	0.190008	1	Unreliable
E	0.8277	K	0.0837	9.88888888888889	
A	1	R	0	9999	
Y	0.40185	F	0.1551	2.59090909090909	
R	0.9702	C	0.010296	94.2307692307692	
I	0.7176	V	0.16	4.485	
L	0.157	P	0.1054	1.48956356736243	Unreliable
R	0.21492	G	0.21	1.02342857142857	Unreliable
G	0.1364	A	0.1188	1.14814814814815	Unreliable
S	0.129084	A	0.1014	1.27301775147929	Unreliable
G	0.1782	D	0.1404	1.26923076923077	Unreliable
A	0.63	V	0.33	1.90909090909091	
	0	-	0	0
	0	-	0	0
R	0.255998	G	0.1922	1.33193548387097	Unreliable
V	0.8099	A	0.0728	11.125	
V	0.87	I	0.066	13.1818181818182	
V	0.4275	L	0.241205	1.77235131941709	
L	0.8185	F	0.0715	11.4475524475524	
H	0.48484	Q	0.29716	1.63157894736842	
V	1	A	0	9999	
T	1	A	0	9999	
V	0.77	I	0.1764	4.36507936507936	
E	0.98	D	0.02	49	
G	0.95	D	0.0355	26.7605633802817	
G	0.411642	V	0.13068	3.15	
S	0.582736	G	0.136224	4.27777777777778	
F	0.9603	L	0.0297	32.3333333333333	
P	0.5382	L	0.224016	2.4025069637883	
N	0.88	K	0.12	7.33333333333333	
K	0.99	N	0.02	49.5	
X	0.9994	W	0.0006	1665.66666666667	


The most probable ancestral protein sequence is:
MLIFDNLAEFQSLFGGGRKWLRSLEAINNVGSITNDVTYSIGDSLTYRIGTASGLAAGRFVGRRRYHTVLYSVGGAVAVEVARKRGLAPVGAYRDLTDRESFGGR-GEPVLLREGGILIVEIHEAYRILRGSGA--RVVVLHVTVEGGSFPNKX

The most probable ancestral protein sequence without gaps is:
MLIFDNLAEFQSLFGGGRKWLRSLEAINNVGSITNDVTYSIGDSLTYRIGTASGLAAGRFVGRRRYHTVLYSVGGAVAVEVARKRGLAPVGAYRDLTDRESFGGRGEPVLLREGGILIVEIHEAYRILRGSGARVVVLHVTVEGGSFPNKX

The accuracy score for that sequence is 0.556523562913908

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable amino acids.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 4.29226806846779e-54
The natural log of that probability is -122.882779741156.

